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静岡県三島市には3つの私立高校がある。毎年東大合格者を数多く輩出する男女共学の駿豆西高校、通称 「 西高 (にしこー) 」。厳粛なカトリック系の女子校・聖三島女学院、通称 「 三女 (さんじょ) 」。そして、主人公の 原平助 (錦戸亮) の母校であり、現在彼が教鞭を執る仏教系の男子校・駒形大学付属三島高校。東という文字はないが西高と区別するため、通称 「 東高 (とんこー) 」 と呼ばれている。偏差値からみてもはるかに劣る東高の生徒たちは、三女の生徒たちから心底バカにされ、関わらないように避けられているような状態だ。

ある日、三島市の高校生たちが乗っている電車の中で盗撮騒動が起こる。疑われたのは、東高の生徒・成田 (船崎良)。被害者は三女の生徒・山田 (トリンドル玲奈) で、三女のシスター・吉井 (斉藤由貴) が抗議のため東高校長・三宮 (生瀬勝久) のもとへ乗り込んできた。
盗撮のことは成田本人が否定しているという三宮に、吉井はこちらには目撃者がいると告げる。濡れ衣を晴らすため、成田と生徒会長の 半田 (鈴木貴之) を伴い三女を訪れた平助。門を入ろうとした瞬間、鬼の形相で女教師・蜂谷りさ (満島ひかり) が現れ、平助たちを一喝する。彼女こそ三女の生活指導の教師で、盗撮の目撃者だったのだ。

わずか 100m の距離に隣接する東高と三女は、少子化に伴う定員割れと経営難により幾度となく合併の噂が立つが、OB や PTA の反対に遭い流れていた。カトリック系の女子校と仏教系の男子校の合併などありえない。だが、今回はついに理事長同士の話し合いにまで進行していた。しかしどうしても交わることのできない両校の間にある深い溝… その原因のひとつに、14年前に起こった未解決事件の存在があった。
その事件が原因で母校にとらわれてきた平助は、平行線をたどる合併話のなか、とある提案をする。引用元：TBSサイト

静岡県三島市にある仏教系男子校・駒形大学付属三島高校 (通称：東高 (とんこー)) とカトリック系学校・聖三島女学院 (通称：三女 (さんじょ))。歴史的不仲にあった両校には合併話が持ち上がった。三女の礼拝堂が14年前に全焼し、再建築工事費などから経営難に陥ったためだ。
宗教も偏差値もまったく違う両校では反対派も多く、実験的に半年の間、3年生の1クラスだけ男女共学にすることになった。

そのクラスの担任である東高の教師・原平助 (錦戸亮) と三女の教師・蜂谷りさ (満島ひかり) もそれぞれのクラスの担任を入れ替わることになったが、平助は出だしのあいさつにつまずき、生徒たちから完全に舐められてしまっていた。

そんな中、三女には東高生との男女交際を禁ずる校則があるにも関わらず、秘密裏に交際していた 海老沢ゆずる (重岡大毅)と 阿部あまり (森川葵) は切羽詰まり、大胆な行動に出てしまう。その行動を問題視した三女の校長・吉井 (斉藤由貴) は、やはり共学化は白紙に戻すべきと平助を詰めるが、平助は生徒からの信頼を取り戻すべく、自分の青春時代の経験から学んだことを授業で伝える。それは、初恋の相手・祐子 (波瑠) の思い出につながるものだった…。引用元：TBSサイト

平助 (錦戸亮) は、合同文化祭の打ち合わせのため行きつけのスナックで りさ (満島ひかり) と待ち合わせをしていた。そこで、かつての親友で恋敵だった サトシ (永山絢斗) と14年ぶりに再会する。

平助の学生時代にも合同文化祭の計画があったようで 「姉が実行委員だった」 と話すりさと、ミス三女コンテストの司会をする筈だったと話すサトシの間で戸惑う平助だった。礼拝堂の火事がなければ、合同文化祭が行われていたはずだったのだ…。
平助は、りさの学生時代の話を聞き、礼拝堂の火事が原因で 祐子 (波瑠) 以外にも辛い思いをした人間がいることを知る。そして、再会したサトシと当時から現在までの軌跡を辿るうちに、平助は意外な話をサトシから聞く。

一方、合同文化祭実現に向け、実行委員が男女混合で選ばれ動き出したが、その前に大きな越えなければいけない山があった。それは学力テスト…
東高と三女の偏差値に開きがあるため、三女に行った平助のクラスは最下位にならないこと、東高のりさのクラスは東高で1位を目指すこと。達成されなかったら、吉井校長 (斉藤由貴) の言うように合併も合同文化祭もナシになってしまうのだ。

三女に移った男子、東高に残った男子両者とも、今までの成績を上げようという気力を失っていた。そこで、平助は実家の永楽寺に成績悪い7名の生徒を連れ、学力テストまでの6日間、合宿して勉強に専念することになるが…。引用元：TBSサイト

スナック 「ガールズバー」 で サトシ (永山絢斗) を見つけ、りさ (満島ひかり) の父・善人 (平田満) が大暴れ… 共学に断固反対の善人は、署名運動して嘆願書も出したのに聞き入れてもらえなかったと言い、14年前の火事のことを語り始める。
消防団の団長をしていた善人が火事現場に駆けつけたときのこと、その後の蜂矢家がどうなってしまったか……。
サトシを責める善人に 平助 (錦戸亮) は、「当時祐子を好きだった」 と言い周囲を驚かせた。

一方、高校では 淡島 (坂井真紀) が SNS を使って仕入れた生徒たちの情報を平助やりさに伝える。生徒たちが、何気に恋をしているような… その中でも、異色のカップルが誕生していた。

合同文化祭開催に向け、まず実行委員が打ち解けるべきと、生徒たちから三津シーパラダイス (みとしー) へ行き親睦を深めたいとの企画が持ち上がった。
気を遣いながら校長たちに報告する平助に、意外にも “授業の一環としてなら” と 吉井校長 (斉藤由貴) や 三宮 (生瀬勝久) からも許可をもらうことができた。だが、りさから 「みとしーに行きたい理由は、親睦を深めることが目的ではない」 と聞いた平助は、三女生に代々伝わる都市伝説のことを知ることになる。それは……。引用元：TBSサイト

ある朝、満身創痍の 古井 (矢本悠馬) が登校して来た。平助 (錦戸亮) や友人たちが心配する中 「階段から落ちただけ」 としか言わない古井を見て、ビルケン (トリンドル玲奈) は、自分のせいかもしれないとつぶやく。実は、西高生がビルケン友の会というファンサイトを勝手に運営し、ビルと付き合っている古井の誹謗中傷の書き込みに古井自身が反論したため、西高生が犯行に及んだと言うことだった。
学校にやってきた警察官から報告を受けた 吉井 (斉藤由貴) たちだが、西高生に暴行を受けたことをどうしても認めない古井。西高生たちが直接謝罪したいと反省していることを聞くが、やられていないから謝罪も受けないと言い張るばかり。

そんな事情を知った生徒会長の 中井 (黒島結菜) や 半田 (鈴木貴之) 等仲間たちは、「箱根まで駅伝」 に出場して西高に勝ち、古井の落とし前を付けると言い出した。天敵と言われていた東高生と三女生が自主的に生徒の意思で一致団結したことに感動を隠せない平助。駅伝出場が決まり、合併を県内にアピールするチャンスに恵まれたところで、両校の首脳陣が動き始める。平助の発案で、合併後の学校名も 「聖駿高校」 と決まり、いよいよ駅伝参加へと始動した矢先、古井を巡ってまたもや事件が起きる…。

一方、生徒・教師さまざまな恋の駆け引きが行われる中、りさ (満島ひかり) の気持ちに変化が現れる。また、ドンマイ先生こと 淡島 (坂井真紀) と平助の兄・一平 (えなりかずき) との関係にも変化が… !?　引用元：TBSサイト

東高と三女の合併統合を記念して、男女混合チームでのレースとなった 「 箱根まで駅伝 」。学校名も 「 聖駿高校 」 となり、平太 (風間杜夫) の合図で駅伝がスタートした。第一走者の 中井 (黒島結菜) が快調な走りを見せ、聖駿高校がトップで2キロ地点を通過。伴走車に乗り込んでいる 平助 (錦戸亮) が、りさ (満島ひかり) に状況を伝えていると、中井が突然調子を崩したようで最下位に落ちてしまう。
インターハイ出場経験を持つ中井に何が起こったのか !?  そして、第2走者・半田 (鈴木貴之) から 海老沢 (重岡大毅) へとつなげ順調に順位を上げて行くが、悩みを抱え心を乱される生徒たちは次々と…？
生徒たちが一進一退を繰り広げる中、みしまる君として駅伝に参加していた 古井 (矢本悠馬) に平助がある提案をする！

一方、平助の実家・永楽寺でも 一平 (えなりかずき) が悩みを抱えていた。TVで駅伝を見守っていた一平は、養護教諭として駅伝会場にいる 淡島 (坂井真紀) を見つけある決心をする。　引用元：TBSサイト

東京の学校に転校が決まっている 中井 (黒島結菜) は、ほかの非協力的な同級生たちと比べ、積極的に文化祭の準備に励んでいた。
転校を周りに隠したまま、自分が出来ることをやり遂げ三島を離れようとしていることを 海老沢 (重岡大毅) から聞いた りさ (満島ひかり) は、中井の文化祭の担当をほかの生徒に割り振り、聖駿高校の新校歌を 平助 (錦戸亮) と中井の二人で作るよう強引に指示する。
しかし、実家でのゴタゴタを抱えている平助は、中井の転校を知らず、なかなか校歌作りを始める様子がない。そんな平助にイラついたりさは、いつもの調子で攻め立てるが、逆に平助に怒鳴られてしまう…。

一方、ドンマイ先生こと 淡島 (坂井真紀) との許されぬ恋を平助に白状した 一平 (えなりかずき) は、平助から別れろと強く言われるものの、なかなか別れ話を切り出せないでいた。
ついに、中井が誰にも告げずに三島から去る日、目の前には意外な光景が ――　引用元：TBSサイト

村井 (小関裕太) が三女の制服を着て登校していることが、東高の理事長でもある 父親 (津田寛治) にバレてしまい、合併も青春祭も中止だと告げられてしまう。
村井は 「体は男だけど、心は女」 という性的な違和感に悩む性同一性障害だったのだ。
今まで一緒に学生生活を送ってきたクラスメイトたちはまったく動じることなく、そのままの村井を受け入れているが、父親はどうしてもその事実を受け入れられない。理事長の一言で合併も青春祭も中止になるのかと、生徒たちは納得できないでいた。平助 (錦戸亮) は、なんとか青春祭の開催だけでも認めてもらおうと、理事長の家に通いつめるが会ってももらえない。
いよいよタイムリミットが近づき、最後のお願いでりさ りさ (満島ひかり) とともに理事長の家に出かけた平助たちの目に飛び込んできたのは意外な光景だった。

そんな中、地元を離れ、村井に心おきなく女子になってもらいたいと考えた 神保 (川栄李奈)・阿部 (森川葵)・ビル (トリンドル玲奈) は、完璧に女子の村井と共に 中井 (黒島結菜) に会うため東京に来ていた。久しぶりに再会した神保たちは、合併や中井が一生懸命準備した青春祭が中止になってしまいそうなことを伝える。しかし、久々に会った中井は今までとはどこか違う様子だった。

一方、自分にキレた平助を忘れられないりさは平助への思いに確信し、ついに思い切った行動に！

村井の父を説得すべく、走り回っている平助の耳に、ラジオ 『ごめんね青春！』 から 「高校時代の友人に謝りたい」 という “ゆうこ” という女性の声が聞こえてきて… !?　引用元：TBSサイト

フリーライターとなった 祐子 (波瑠) が14年ぶりに現れた。WEB と連動した文化祭特集の取材をするために母校へ来たというが、平助 (錦戸亮) や りさ (満島ひかり) は複雑な気持ちを隠せないでいた。
そして、祐子が戻ってきたことを平太から聞いた 善人 (平田満) は、かつての冷たい態度を祐子に謝罪するためにガールズバーへ向かい、久々に一堂に会する。
そんな祐子との再会に動揺しているりさは、実家にいるのが気まずいからと平助の家に押しかけ寝泊りすることに。結婚を前提に友だちから付き合い始めることにした不器用な二人の距離は縮まるのか… !?

一方、永楽寺の台所で平助は見慣れぬ人影を見かける。平太 (風間杜夫) の再婚相手の せつ子 (麻生祐未) だった。突然現れた新しい母親候補に反発する平助と 一平 (えなりかずき) だが、せつ子の完ぺきに家事をこなす様子になすすべもなかった…。

青春祭が近づき、準備が着々と進められていく中、祐子が三島に戻ってきたことで14年前の火事の話題が浮上し、新たな事実を知ってしまった平助。
ショックを隠し切れず青春祭直前についに一大決心をする！　引用元：TBSサイト

平助 (錦戸亮) が情熱を傾けてきた念願の合同文化祭 「青春祭」 が幕を開けた。
数ヶ月前まで目も合わさなかった東高と三女の生徒たちが、はじけるような笑顔で活気に溢れ青春祭を楽しんでいた。

そんな中、三女の礼拝堂放火事件を引き起こしたという過去に捕われ続けてきた平助は、祐子 (波瑠) の出現もあり、今度こそ事件に決着をつけようと心に決めていた。
礼拝堂に祐子を呼び出し、何もかも告白するつもりの平助の前に、サトシ (永山絢斗) が立ちふさがる。

東京に転校した 中井 (黒島結菜) も加わり、生徒・教師が一緒になりキャンプファイヤーを囲んで二日間行われた青春祭も終わりを迎えようとしていた。文化祭のクライマックスに、平助はついに自分の過去を告白しようと決意し生徒たちの前に立つが、それが意外な展開に… !?　引用元：TBSサイト